برخی از کاربران گزارش داده اند دستگاه آنها پس از نصب بروزرسانی iOS 9.3 دیگر از قابلیت Universal Links پشتیبانی نکرده و پس از کلیک بر روی لینک‌ها در اپلیکیشن‌های مختلف، آن اپ کرش می‌کند. اپل قول داده به زودی پچی برای رفع باگ کرش کردن iOS 9.3 منتشر کند‌.